本所正式成立於1989年8月1日，為國內第一所運動科學研究所。
1997年8月1日起開始招收研究所碩士在職專班學生。
2012年8月1日起本所碩士在職專班與運動保健學系碩士在職專班合併為運動與健康科學學院碩士在職專班。
2013年8月1日起開始招收博士班學生。
本所特色
運動科學是整合健康與競技相關科學的學門。本所在教學與研究上致力於運動生理、運動營養生化及運動科技領域，透過完善、充足的研究設施與專業師資，結合運動科學理論基礎及實驗實作，培育研究與實務兼備之人才。
教育目標
一、培養學生運動科學之研究能力
二、培養學生運動科學知能之實務應用能力
核心能力
一、具備運用運動生理、運動營養或運動科技知識的能力
二、具備分析與解決運動科學相關研究與實務的能力
三、具備運動科學專業文獻之閱讀、寫作或發表的能力
四、具備運動科學研究與實務之團隊合作與溝通能力
五、具備運動科學國際觀